Medusa war ursprünglich eine schöne Jungfrau. Sie arbeitete im Dienst der Göttin Athene und hatte sich verpflichtet, sich der Wollust zu entsagen. Auf diese Weise blieb sie „rein“ und konnte Priesterin in Athenes Tempel werden.

Sie lebte ganz hoch im Norden und bewachte dort einen Eingang zum Hades. Doch traurigerweise bekam man dort die Sonne nie zu sehen. Durch den häufigen Kontakt mit den Verstorbenen erfuhr Medusa von der Schönheit und Kraft der Sonne und wollte diese unbedingt sehen. Athene verweigerte ihr dies.

Ihre Schönheit erregte die Aufmerksamkeit von Poseidon, der sie begehrte.

Doch unerlaubt machte sich Medusa also auf den Weg in den Süden. Dort traf sie den Meeresgott Poseidon und zwischen den beiden entflammte eine leidenschaftliche Liebesaffäre. Doch ausgerechnet einen für Athene geweihten Tempel wählten die beiden für ihre Liebschaften.

Athena war so wütend, dass sie Medusa in das Wesen verwandelte, als das sie bekannt ist — ein Ungeheuer, das vor allem für ihre sich windenden Schlangenhaare und ihren Blick berüchtigt war. Sie hatte den Körper einer Frau, Zähne ähnlich den Hauern eines Ebers und glühenden Augen.

Aus der Geschichte des Perseus erfährt man, dass er in seinen Unternehmen, das Medusenhaupt zu gewinnen, vornehmlich von Athene, beschützt und geleitet wurde.

Sie war es, die ihn belehrt, gegen die Medusa so vorzugehen, dass er ihr Antlitz nicht erblicke, sondern nur dessen Spiegelung in seinem blanken Schild. So konnte Perseus den Kopf der Medusa anblicken, ohne ihn von Angesicht zu Angesicht anschauen zu müssen. Er schlug den Kopf ab, mit der Sichel, die er von Athene, von Hermes oder von Hephaistos als Geschenk erhalten hatte.

Aus dem Halse der Medusa sprang das geflügelte Ross Pegasos hervor. Doch nicht das Ross allein entsprang ihr. Mit ihm wurde, auf die gleiche Weise, auch der Riese Chrysaor geboren, der Held mit Namen »der mit dem goldenen Schwert«.
Das maskenartige Medusenhaupt, trug fortan Athene entweder als Schildzeichen oder an ihrem Brustpanzer, als besonderen Schutz auf ihren Schild; später wurde es als das Gorgoneion bekannt.